Министр погиб во время учений, которые проходили неподалёку от Норильска. Как сообщает Маргарита Симоньян, трагедия случилась возле населённого пункта Дудинка, на берегу Енисея. Кинематографист Александр Мельник и министр стояли возле обрыва. Режиссёр, увлёкшийся съемками, сорвался вниз, а Евгений Зиничев кинулся в воду с целью спасти его. К сожалению, министр задел за выступ и был травмирован. 

Обоих пострадавших быстро извлекли и отправили вертолётом в Норильск, но до больницы ни один из пострадавших не доехал. Гибель министра официально подтверждена пресс-службой МЧС. Дмитрий Песков так же сообщил, что Путину доложили о гибели министра, который так же был его другом. Президент выразил соболезнования по поводу гибели министра.

Евгений Зиничев погиб как настоящий герой.